Protégé-OWL spraudnis "Sapņotājs"

Uzstādīšana | Konfigurēšana | Darbināšana | Kas jauns? | Turpinājums sekos...

Uzstādīšana

Java VM

Lai darbinātu Protégé, ir nepieciešama vismaz Java 1.5 (a.k.a 5.0), taču spraudņa dēļ priekšnosacījums ir Java 1.6 (a.k.a 6.0). (P.S. Šī nepamatotā prasība radās spraudņa 'ātrā hacka' dēļ ;-)

Pirms Java 1.6 lejuplādes un uzstādīšanas vēlams pārliecināties, vai tomēr tā nav jau uzstādīta:

• Lai apskatītos kāda un vai vispār ir noklusētā JVM versjia, komandrindā (Start\Run\cmd) jāieraksta java -version.
• Tiesa, nav teikts, ka tā ir vienīgā JVM, kas 'dzīvo' datorā. Parasti, to var noteikt paskatoties, kādi direktoriji atrodas zem C:\Program Files\Java (direktoriju vārdos ir iekļauti versiju numuri).
• Cits, 'drošāks' veids ir papētīt Start\Settings\Control Panel\Add or Remove Programs ierakstus.

Ja nu tomēr nekā, tad:

• Windows/Linux gadījumā jāiet uz http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp un jāņem Java Runtime Environment (JRE) 6 Update 2 (vai jaunāku). Tie, kas Javā plāno programmēt, protams, var labāk ņemt JDK, kurā JRE ir iekļauts.
• Accept License Agreement un Windows Offline Installation (build 06), Multi-language.
• Palaižot lejuplādēto jre-6u2-windows-i586-p.exe var droši klikšķināt Accept .. Finish.

• Mac OS X gadījumā jāiet uz http://developer.apple.com/java un jāņem Java SE 6.0 Release 1 Developer Preview 6. (P.S. Kamēr nav iznākusi oficiālā versija, vispirms nāksies kļūt par Apple Developer Connection biedru.)

Protégé-OWL

Lai darbinātu Sapņotāja spraudni, ir nepieciešams (laikam ;-) vismaz Protégé 3.3. Ja tā nav vai ir vecāka versija tad:

1. Jānovāc veco versiju, ja tāda ir (Start\Settings\Control Panel\Add or Remove Programs).
2. Jāiet uz http://protege.cim3.net/download/old-releases/3.3/full/ un jāklikšķina uz operētājsistēmai atbilstošā Download without Java VM.
3. Palaižot lejuplādēto install_protege.exe, īpaša uzmanība jāpievērš divās vietās:
• Choose Components sadaļā jāizvēlas Basic + OWL.
• Choose Java VM sadaļā jānorāda iepriekš uzstādītā Java 1.6 virtuālā mašīna. Ja bez Java 1.6 datorā ir instalētas arī vecākas Java versijas (1.4, 1.5), Protégé instalācija droši vien tās visas būs atradusi un piedāvās izvēlēties vienu. Taču visticamāk, ka starp tām nebūs īstā, 1.6 versija (to var noteikt pēc ceļa, kas ved uz java.exe). Vēl jo vairāk - ja Java 1.6 ir vienīgā instalētā JVM, Protégé 3.3 to pats labprātīgi nepiedāvās. Šādā situācijā jāklikšķina uz Choose Another un jāatrod īstā java.exe. Pēc noklusēšanas fails atrodas direktorijā C:\Program Files\Java\jre1.6.0_02\bin (ceļš var nedaudz atšķirties atkarībā no apakšversijas numura).

Piezīme: Gadījumā, ja Protégé 3.3 ir bijis uzstādīts jau agrāk, balstoties uz Java 1.5, tas nav obligāti jāpārinstalē. Taču, lai izmantotu Sapņotāja spraudni, vairs Protégé nevarēs startēt ar C:\Program Files\Protege_3.3\Protege.exe palīdzību. Šim nolūkam būs jāizmanto run_protege.bat (uz Windows), run_protege.sh (uz Linux un Mac OS X) un/vai run_protege.applescript (uz Mac OS X). Šo skriptu var izmantot arī, lai palielinātu JVM izdalītās atmiņas limitu. Lai panāktu vēlamo efektu, run_protege.bat/sh failā jāveic šādas izmaiņas:

• Jānorāda korekta Java 1.6 VM atrašanās vieta, izmainot JAVA_PATH mainīgo, piemēram, uz C:\Program Files\Java\jre1.6.0_02\bin (Windows) vai uz /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/1.6.0/Home/bin (Mac OS X).
• Lai Vampire6 un Mace4 izsaukumi neradītu problēmas, JARS (classpath) mainīgā esošajai vērtībai jāpievieno Protégé pamatdirektorijs: ;. (uz Windows) vai :. (uz Linux un Mac OS X).
• Lai izmainītu operatīvās atmiņas limitu, atbilstoši jāizmaina MAX_MEMORY mainīgais.

Uzmanību: Ja ir uzstādīta Protégé versija, kas ir jaunāka par 3.3 (piem., 3.3.1), tad turpmāk šīs izmaiņas jāņem vērā visur, kur tieši vai netieši tiek norādīts ceļš uz Protégé direktoriju.

Sapņotājs

Ja iepriekšējā Sapņotāja versija jau ir uzstādīta, tad jānokopē tikai jauninājums.

1. Vispirms nepieciešams lejuplādēt un atarhivēt spraudņa instalācijas pakotni.
2. Atarhivētajā Protege_3.3 direktorijā atrodas visi nepieciešamie faili spraudņa darbināšanai. Tie visi ir jāizvieto pa attiecīgajiem C:\Program Files\Protege_3.3 direktorijiem:
• vai nu manuāli pārkopējot un aizstājot esošos failus,
• vai arī kā arhivēšanas vietu norādot C:\Program Files un ļaujot aizstāt esošos failus.
3. Direktorijs ontologies satur jaunāko pasakas par Kungu un Nabagu ontoloģijas versiju, taču tās kopēšana nav obligāta un ir vairāk paredzēta testēšanas nolūkiem. Vēl jo vairāk, lai šo ontoloģiju varētu rediģēt SWOOP redaktorā (SWOOP 2.3 beta 3), tā ir jāpārceļ uz vietu, kuras ceļš nesatur atstarpes (' ').
4. Windows gadījumā no C:\Program Files\Protege_3.3 jāizdzēš failus mace4 un vampire6 - bez paplašinājumiem (ar nosacījumu, ka Windows Explorer rāda paplašinājumus!).
5. Linux un Mac OS X gadījumā tīrības labad var izdzēst failus mace4.exe, cygwin1.dll un vampire6.exe, bet mace4 un vampire6 jānomarķē kā izpildāmi (chmod 555 mace4 un chmod 555 vampire6).

P.S. vampire6.exe ir 'hacks', kas nočiepj Hoolet sūtīto problēmu īstajam Vampire6 teorēmu pierādītājam, bet mace4.exe ir īstais Mace4 modeļu būvētājs.

Lai atjauninātu Sapņotāja spraudni, fails SatModViz.jar jāiekopē direktorijā C:\Program Files\Protege_3.3\plugins\lv.lu.mii.satviz, aizstājot tur esošo failu.

Konfigurēšana

1. Jāstartē Protégé redaktors un jāizveido jauns 'projektu':
1. New Project --> Create from Existing Sources --> OWL / RDF Files
2. Browse for File (piem., C:\Program Files\Protege_3.3\ontologies\gans2a.owl)
3. Language Profile: OWL DL --> Finish
2. Pirmoreiz atverot ontoloģiju:
1. Metadatos (Metadata Tab) jānorāda korekts ceļš līdz ontoloģijai:
• Ontology URI: file:/C:/Program%20Files/Protege_3.3/ontologies/gans2a.owl (piemērs).
• Namespace Prefixes: gb.mii.lu = file:/C:/Program%20Files/Protege_3.3/ontologies/gb.lu.mii.lv# (piemērs).
• Jāsaglabā izmaiņas: File\Save Project (Ctrl+S).
2. 'Jāpiesprauž' sapņotāja logs (SatModViz Tab)
• Project\Configure --> ķeksītis pie SatisfiabilityModelVizTab.
• Mace4 Location lodziņā jāieraksta mace4 (uz Windows) vai ./mace4 (uz Linux un Mac OS X).
• Mace4 atrašanās vieta tiek prasīta tikai vienu reizi un tikai pirmoreiz uzstādot Sapņotāja spraudni. Nepieciešamības gadījumā šo komandrindu var izmainīt failā C:\Program Files\Protege_3.3\protege.properties, parametrā SatModViz.Mace.Command. Pirms protege.properties izmaiņu veikšanas obligāti ir jāaizver Protégé redaktors!
3. Tehnisks trūkums: pēc Mace4 komandrindas norādīšanas būs jāpārstartē ontoloģija (var uzreiz ņemt File\Open Recent\file:/.../gans2a.pprj).
3. Ja SatModViz logā ir parādījušās notis - viss kārtībā.

Piezīme: lai tiktu pie modeļa būvēšanas, ir jāielādē legāla OWL (nevis frames!) ontoloģija.

Darbināšana

1. Jāstartē Protégé redaktors, jāiezīmē ontoloģijas vārds un jāklikšķina uz Open Recent.
2. Ja ontoloģija tiek rediģēta ārpus Protégé, tad visa darbošanās notiek tikai SatModViz logā. Taču jebkurā gadījumā (Protégé, SWOOP, ...), ja ontoloģijā ir veiktas kādas izmaiņas, tā vispirms ir jāsaglabā (attiecīgajā redaktorā), lai iegūtu aktuālo nošu attēlojumu.
3. Ontoloģijas tulkošana no OWL uz FOL, minimālā modeļa būvēšana un vizualizēšana notiek ar vienu klikšķi uz Dream On.
• Lai noskaidrotu ontoloģijas saderību un tās atbilstību iedomātajam modelim, iespējams uzliktu papildus nosacījumu (check satisfiability), ka visām formulām ir jābūt vienlaicīgi izpildāmām. T.i., pieprasīt, lai visām klasēm tiek mēģināts izveidot indivīdus, tādējādi būvējot minimālo modeli, kas atbilst 'pilnai' ontoloģijai.
• Ja ontoloģijā tiešā veidā ir ieviesti indivīdi (A-kaste), pilnas saderības nosacījums nav obligāti jāuzliek - šajā gadījumā modelis tiks būvēts tikai tai ontoloģijas apakškopai, kuru tieši vai netieši skar ieviestie indivīdi.
• Ja ontoloģija nesatur A-kasti (tikai T-kasti) un ja saderības nosacījums nav uzlikts, tiks uzbūvēts tukšs modelis, līdz ar to arī tukšas nošu līnijas.
• Sapņotāja darbības laikā Protege_3.3 direktorijā tiek izveidots pagaidu fails tptp-out.tmp - Hoolet sagatavotā problēma teorēmu pierādītājam (Vampire6).
• 'Atvērumā' Mace4-In tiek izdrukāts OWL -^Hoolet-> TPTP -^TPTP2Mace4-> FOL tulkojums (atkļūdošanas vajadzībām un papildus FOL aksiomu pievienošanai).
• 'Atvērumā' Mace4-Out tiek izdrukāts oriģinālais Mace4 modelis.
4. Modeļa vizualizācija:
• Modeļa būvēšana un nošu pieraksta zīmēšana prasa zināmu laiku (atkarībā no datora jaudas), tāpēc jābūt pacietīgiem, jo pēc Dream On pogas nospiešanas var paiet mirklis, līdz parādīsies jaunais nošu pieraksts.
• Attēla palielināšanas un samazināšanas funkcijas ir pieejamas ar labo peles klikšķi. Zoom In koeficients ir 1.2, bet Zoom Out - 0.8

Kas jauns?

24.08.2007

• Palielināts klašu, indivīdu un relāciju vārdu fonta izmērs un izdevās 'uzhakot' noklusētos Batik SVG Toolkit tālummaiņas (zoom) koeficientus. Tiesa, tie joprojām ir pieejami, izmantojot Ctrl+I un Ctrl+O.
• Bijušais Console 'atvērums' pārsaukts par Mace4-Out un tajā tiek rādīts tikai tekošais modelis. Ieviests jauns 'atvērums' Mace4-In, kurā tiek drukāts tekošais tulkojums no OWL uz FOL.
• Noslēpts viss, kas attiecas uz nepilnīgo OWL2FOL implementāciju (Load/Save Predicate Map).
• Novērsts nekaitīgs gļuks pēc Mace4 komandrindas norādīšanas.

20.08.2007

• TPTP2Mace4 papildināts ar korektu differentFrom apstrādi.
• Ieviesta GUI opcija uzlikt/noņemt visu klašu satisfiability prasību.

16.08.2007

• Visi modeļa būvēšanā un vizualizācijā iesaistītie moduļi un palīgfunkcijas ir apvienotas zem vienas podziņas Dream On.

Turpinājums sekos...

• Jāpaplašina TPTP2Mace4 kompetence:
• kardinalitāšu apstrāde;
• specsimboli klašu/relāciju/indivīdu vārdos (piem., '_', '-');
• dataTypeProperties;
• literāļi.
• Pēc noklusēšanas Mace4 apstājas, ja neatrod modeli ar 10 objektiem. Tā kā tas notiek ļoti ātri, jāparedz GUI parametrs, lai norādītu, cik lielus modeļus meklēt.
• Jāpapēta Guntas sameistarotās ontoloģijas radītie gļuki ;-)
• Iespēja sapni padarīt krāsaināku, Mace4-In atvērumā pievienojot FOL aksiomas, kuars nevar izteikt ar OWL DL un OWL 1.1 (un SWRL) līdzekļiem.
• 'Īsto', nevis anonīmo vārdu izmantošana ontoloģijā tieši ieviesto indivīdu apzīmēšanai.
• 'Liekvārdības' novēršana relāciju nošu zīmēšanā (daudzgalvainas sarkanās notis).
• SVG attēla saglabāšana failā (rastra grafikas formātā).
• Diferencēta pirmās nots atkāpe no kreisās malas (atkarībā no garākā klases vārda) un nošu pieraksta pozicionēšana kreisajā augšējā stūrī.
• Jāizmet viss, kas attiecas uz nepilnīgo OWL2FOL implementāciju un balstās uz Protégé-OWL API (OWLModel), jo to visu tagad dara Hoolet.
• Skaidrāk jānodala spraudņa interfeiss no spraudņa kodola, lai var vieglāk portēties uz citām darba vidēm (SWOOP, TopBraid Composer) un veidot neatkarīgas aplikācijas (desktop, web).